Sem aviso, Snake King Orochi começa uma invasão. Usando o seu imenso poder, permitindo a quebra de tempo e espaço, Orochi seqüestra os guerreiros mais fortes e corajosas da Antiga China e do Japão Feudal para testar suas habilidades na batalha com os melhores soldados.
Nenhum dos exércitos poderiam resistir à autoridade Orochi. No terreno, os heróis morrem, aos que continuarem a resistir à King Snake. São 96 personagens jogáveis, em vez de 79, no original, todos os velhos novos costumes, novas campanhas, novos modos de jogo, novos itens.